Järnvägsmuseet ingår sedan 1 januari 2018 i Statens Maritima och Transporthistoriska Museer (SMTM), tillsammans med Sjöhistoriska, Marinmuseum i Karlskrona och Vasamuseet som i dubbel bemärkelse är myndighetens flaggskepp. Med 1,5 miljon besökare varje år utgör Vasas intäkter hälften av myndighetens budget. Coronakrisen har tvingat museerna att stänga och intäktsbortfallet har utlöst en ekonomisk kris.