Händelsen ska ha inträffat i Skutskärs hamn den 6 januari i år.
Enligt åtalet ska mannen ha kört ett fartyg , som var minst tio meter långt. Hans alkoholkoncentration uppgick till 0,36 milligram per liter utandningsluft.
Gränsen för sjöfylleri går vid 0,10 milligram alkohol per liter.
Mannen åtalas för sjöfylleri.